Początki parafii i kościoła parafialnego w Zbąszyniu sięgają zamierzchłych czasów pierwszych królów Polski. Dzieje kościoła są ściśle związane z dziejami zachodniej połaci kraju. Zbąszyń był początkowo grodem królewskim. Bolesław Chrobry z uwagi na obronne położenie miasta założył tu kasztelanię pograniczną. Przez królów Polski został ufundowany pierwszy kościół parafialny w Zbąszyniu. Kościół ten, jak większość ówczesnych kościołów był drewniany. Kroniki historyczne wymieniają nazwiska proboszczów naszego kościoła od 1238r., parafia jednak istniała wcześniej.

W 1393r. Władysław Jagiełło przekazał Zbaszyń Janowi i Abrahamowi z Nowodworu, synom Abrahama z rodu Nałęczów Niemierzy. Patronat kościoła przeszedł z tą chwilą do rodziny Zbąskich. Biskup poznański Jan Lubrański w 1516r. podniósł kościół do godności kolegiaty. Obowiązki duszpasterskie spełniali wówczas: dziekan, proboszcz i 5 misjonarzy. Parafia zbąszyńska rozciągała się wtedy w promieniu 12 km. Należały do niej również Chobienice z kaplicą filialną. W XV w. około 1435r. Abraham Zbąski odpadł od wiary i przeszedł na husytyzm. Kościół parafialny został wówczas oddany husytom. Husyci zajęli również kościół w Przyprostyni, która przez pewien czas stanowiła odrębną parafię. Z powrotem kościół w Zbąszyniu został przekazany katolikom przez Mariannę Tuczyńską przed 1640r. W 1651r. nastąpiła erekcja ołtarza Matki Boskiej Różancowej z wizerunkiem Matki Boskiej i 15 tajemnicami. Obraz został ufundowany przez Oficjała poznańskiego Andrzeja Swinarskiego. Obraz ten słynący łaskami z dawien dawna przyciągał wiernych ze Zbąszynia i okolic. W 1655r. wkroczyli do Zbąszynia Szwedzi, którzy na pewien czas zamknęli kościół. Kościół zbąszyński przez długie wieki był drewniany i nie miał wieży. Murowaną kaplicę przystawił Abraham Ciświcki. Potem po pewnym czasie przybudowano drugą. Obok kościoła oddzielnie stała drewniana dzwonnica.

W 1757r. rozpoczęto budować nowy murowany kościół. Budowę podjął Stefan Garczyński, dziedzic zbąszyński. Budowa nowego kościoła trwała ponad 20 lat. Utrudniały ją zamieszki wewnętrzne i zawieruchy wojenne. Ukończył budowę Edward Garczyński, brat Stefana. Konsekracja nowego kościoła odbyła się w 1796r.przez biskupa Ignacego Raczyńskiego. Kościół inaczej wówczas wyglądał niż obecnie. Wieże były niższe, bez kopuł. Na froncie ściany północnej w niszy umieszczono figurę św. Edwarda patrona fundatora kościoła, na naszczytnikach od strony południowej umieszczono postacie św. Wawrzyńca i św. Szczepana. Istnieją one po dzień dzisiejszy. Budowniczym kościoła był Jan Handke z Leszna. W latach 1830 i 1845 nawiedziły Zbąszyń wielkie pożary, w czasie, których spłonęły rynek i ulice wiodące do Obry. W 1850r. spalił się kościół. Spłonęły wówczas wieże, stopione zostały dzwony, zapadło się sklepienie. Po tej klęsce pożaru nabożeństwa parafialne odprawiały się przez pewien czas w kościele św. Stanisława w Przyprostyni a potem w kaplicy zamkowej, obecnie nieistniejącej. Ówczesny proboszcz ksiądz Wojciech Pietraszewski opisuje w ten sposób to wydarzenie:

„Wielkie nieszczęście spotkało nasze miasto i całą parafie Zbąszyńską. Z poniedziałku na wtorek, dnia 12 marca 1850r. o godz. 1:30 w nocy pokazał się w rynku ogień, pochłonął 45 budynków, a pomiędzy tymi i nasz piękny kościół, te wspaniałe wieże, ta ozdoba miasta i całej okolicy stała się ofiara pożaru, tak, że same tylko poboczne mury zostały, bo nawet sklepienie już częściowo zapadło a reszta jeszcze zapadnie, o godz. 2:00 wieże kościoła zaczęły się palić. Ratunek dla nadzwyczaj wielkiego wiatru był niepodobny. Według wszelkiego prawdopodobieństwa niegodziwy człowiek zapalił miasto. Dzwonnica spalona, dzwony nasze piękne stopione, jesteśmy teraz bez domu Bożego, bez dzwonów – tak ręka Boska srodze nas dotknęła.”

Po pożarze przystąpiono do budowy nowych wież, których kształt barokowy zachował się po dzień dzisiejszy. Po I wojnie światowej Zbąszyń stał się pogranicznym miastem w niepodległej Polsce. W roku 1931 w Zbąszyniu odbył się, gdy proboszczem był ks. Leon Płotka, zjazd katolicki archidiecezji gnieźnińsko – poznańskiej. W zjeździe tym przewodniczył J. Em. Ks. Kardynał August Hlond Prymas Polski.

W czasie drugiej wojny światowej nabożeństwa i kult religijny w kościele zostały ograniczone przez najeźdźców hitlerowskich. Później świątynie zbezczeszczono zamieniając ją na magazyn. Wskutek szalejącego prześladowania religii księża zostali uwięzieni lub rozproszeni. Pod koniec wojny wskutek działań wojennych kościół uległ poważnemu zniszczeniu. Szczególnie ucierpiała wieża Zachodnia.

Po wojnie staraniem ks. kan. dr. Jana Ściesińskiego i dzięki ofiarności wiernych zostały zabliźnione rany zadane świątyni przez zawieruchę wojenną. Kościół został odrestaurowany, w roku 1957 wnętrze otrzymało nową polichromię (twórcą art. Stanisława Szukała) na zewnątrz otrzymał nową szatę. Po dzień dzisiejszy jak przed wiekami świątynia ta służy Najwyższemu Panu jako Dom Boży i Brama Niebios.